Вам нужно передать указатель значения, которое будет обновлено ... например:

// Initialize a configfile structure (0 sections)
void init_file(configfile **cf) {
    *cf = malloc(sizeof(configfile));
    (*cf)->numsections = 0;
}

configfile *var;
init_file(&var);
printf("%d\n", var->numsections);

В противном случае вы просто обновляете локальный указатель * cf, а не оригинал, переданный в значении

Вы ни в коем случае не инициализируете cf->sections, что означает, что при reallocпервой попытке вы пропускаете мусор. Добавление:

 cf->sections = NULL;

чтобы init_fileпомочь.

Вы также не проверяете коды возврата, но знаете, что да?

Да, есть проблема в init_sec

// Initialize a configsection structure with a name (and 0 options)
void init_sec(configsection *sec, char *name) {
    sec = malloc(sizeof(configsection));
    sec->numopts = 0;
    sec->name = name;
    printf("%s\n", sec->name);
}

Вы просто копируете указатель имени здесь, что означает, что он указывает на оригинальное хранилище имени. Если бы вы позвонили init_secтак

configsection foobar()
{
    configsection sec;
    char name[80];

    get_name(name);
    init_sec(sec, name);
    return sec;    
}

nameУказатель стал недействительным момент foobarвернулся. Вам нужно продублировать строку и сохранить вашу личную копию. В init_sec:

    sec->name = strdup(name);

Но это еще не все. В самой первой строке init_secвы перезаписываете указатель, который был передан указателю init_secmalloc. Таким образом, новый указатель никогда не передается обратно в вызов. Либо используйте указатель на указатель, вообще не берите указатель configsection (в конце концов, вы выделяете), а просто возвращайте выделенный указатель: Завершите исправленную функцию:

// Initialize a configsection structure with a name (and 0 options)
configsection* init_sec(char *name) {
    configsection *sec = malloc(sizeof(configsection));
    sec->numopts = 0;
    sec->name = name;
    printf("%s\n", sec->name);
    return sec;
}

Вам нужно по-настоящему переосмыслить, как аргументы функции передаются в C и каковы указатели. Ваша проблема не имеет ничего общего с распределением памяти. Скорее, ваш код назначает указатель динамически распределенной памяти только на локальную переменную , о которой вызывающий код ничего не знает.

Хотя вы можете решить проблему, передав указатель на указатель вызывающей стороны (то есть двойной указатель), это не обязательно самый элегантный или самый обычный способ обработки вещей. Скорее, вы должны вернуть результат выделения из функции. Пока вы работаете над этим, вы также callocдолжны сразу обнулять память. Завершение всего этого:

typedef struct substuff_
{
    int a;
    double b;
} substuff;

typedef struct stuff_
{
    unsigned int n;
    substuff * data;
} stuff;

substuff * init_substuff()
{
    substuff * const p = malloc(sizeof *p);
    if (p) { p->a = 5; p->b = -0.5; }
    return p;
}

stuff * init_stuff()
{
    substuff * const p = init_substuff();
    if (!p) return NULL;

    stuff * const q = malloc(sizeof *q);
    if (q) { q->n = 10; q->data = p; }
    return q;
}

В качестве упражнения вы должны написать соответствующие функции void free_substuff(substuff *)и void free_stuff(stuff *).