Я позволю себе предложить множество исправлений для достижения того, что, по моему мнению, является предполагаемым поведением:

#include <thread>

template <typename T>
void Threader(T & counter)    // take by reference!
{
   counter++;
}

int main()
{
   unsigned int counter = 100;
   std::thread one(Threader<unsigned int>,   // specify template *instance*
                   std::ref(counter) );      // pass variable as reference
   one.join();
   return counter;
}

Вы пропустили список аргументов вашего шаблона.

Пытаться:

 unsigned int counter = 100;
 thread one(Threader<unsigned int>,counter);

или, если вы используете стандарт c ++ x0 / c ++ 11, присвойте вашему шаблону стандартный тип, например:

template <typename TYPE_size = unsigned int>
void Threader(TYPE_size counter)
{
    counter++;
}
int main()
{
    unsigned int counter = 100;
    thread one(Threader<>,counter);
    one.join();    
    cout << counter;
}

В C ++ 11 введены лямбды, это можно использовать и в этом случае.

По сути, поток создается с использованием лямбды, где лямбда вызывает функцию, которая затем позволяет проводить вывод типа шаблона.

thread one([counter]() { Threader(counter); });

Выше счетчик фиксируется по значению, но, как показывают некоторые ответы, захват по ссылке также может быть использован

#include <iostream>
#include <thread>
template <class T>
void Threader(T& counter)
{
    counter++;
}
int main()
{
    unsigned int counter = 100;
    std::thread one([&counter]() { Threader(counter); });
    one.join();    
    std::cout << counter;
}

Примечание : этот вопрос был помечен как дубликат, поэтому добавлено использование новых языковых функций.