Такое поведение неудивительно, так как браузер не предоставляет никаких значений для флажков, которые не отмечены.

Если вы находитесь в ситуации, когда вам нужно представить точное количество элементов в виде массива, почему бы вам не сделать то же самое, что вы делаете, когда есть какой id-то вид, связанный с каждым флажком? Просто включите имя ключа массива PHP как часть имени <input>элемента:

  <tr>
                                                       <!-- NOTE [0] --->
      <td class='bla'>Checkbox: <input type='checkbox' name='cBox[0]'/></td>
  </tr>
   <tr>
      <td class='bla'>Checkbox: <input type='checkbox' name='cBox[1]'/></td>
  </tr>
   <tr>
      <td class='bla'>Checkbox: <input type='checkbox' name='cBox[2]'/></td>
  </tr>

Это все еще оставляет вас с проблемой, что непроверенные коробки все еще не будут присутствовать в массиве. Это может или не может быть проблемой. Во-первых, вам может быть все равно:

foreach($incoming as $key => $value) {
    // if the first $key is 1, do you care that you will never see 0?
}

Даже если вам все равно, вы можете легко исправить проблему. Два простых подхода здесь. Во-первых, просто сделайте трюк со скрытым элементом ввода:

  <tr>
      <td class='bla'>
        <input type="hidden" name="cBox[0]" value="" />
        Checkbox: <input type='checkbox' name='cBox[0]'/>
      </td>
  </tr>
   <tr>
      <td class='bla'>
        <input type="hidden" name="cBox[1]" value="" />
        Checkbox: <input type='checkbox' name='cBox[1]'/>
      </td>
  </tr>

И два, которые я считаю предпочтительными, вместо этого заполняют пробелы в PHP:

// assume this is what comes in:
$input = array(
    '1' => 'foo',
    '3' => 'bar',
);

// set defaults: array with keys 0-4 all set to empty string
$defaults = array_fill(0, 5, '');

$input = $input + $defaults;
print_r($input);

// If you also want order, sort:

ksort($input);
print_r($input);

Смотрите это в действии .