Они оба делают одно и то же.
Но, получая доступ к windowсвойству, вы точно знаете, что обращаетесь к глобальной переменной независимо от того, в какой области вы находитесь.
Например:

globalVar = "smth";
function(){
    var globalVar = 2;
    alert(globalVar);// points to the current scope globalVar
    alert(window.globalVar);// points to the original globalVar
}

Другими словами, если вы хотите работать с глобальными переменными, несколько безопаснее получить к ним доступ через их контейнер: window.variable

Ключ, на который ссылался Райнос, заключается в том, что он явно задан для объекта window. В браузере глобальный объект такой же, как объект окна, но в других средах (например, node.js или, возможно, работает в каком-либо веб-представлении на мобильном устройстве), это может быть не так.

Разница в том, что window.foo = bar;не может быть перехвачен рефакторингом, сделанным позже. Использование foo = bar;означает, что если на более позднем этапе код будет перемещен в замыкание, где var fooон был определен, он больше не будет устанавливать его в глобальном объекте.

Добавление еще одного пункта:

Если вы ссылаетесь на необъявленную переменную напрямую (без использования - window или typeof ), тогда вы получите переменную не определенная ошибка .

Примеры:

// var unDecVariable

if (unDecVariable != null) // Error: unDecVariable is not defined
{
    // do something
}

if (window.unDecVariable != null) // No Error
{
    // do something
}

if (typeof unDecVariable != 'undefined' && unDecVariable != null) // Alternative way
{
    // do something
}

Неразрешенные ссылки (то есть необъявленные переменные) на самом деле не являются переменными, они добавляются как свойство к глобальному объекту. [5c]

В строгом режиме («используйте строгий») неразрешенные ссылки создают ошибку ReferenceError. Это сделано для того, чтобы избежать добавления в глобальный объект свойств, которые должны были быть объявлены переменными. В этом случае, если вы хотите добавить свойство к глобальному объекту, вы должны использовать window.foo = "bar". [5а]