обновить Scipy в Redhat

python scipy pip

244 просмотра

1 ответ

Я пытаюсь обновить Scipy на Redhat 6.7, используя pip для локальной папки:

pip install --user --upgrade scipy

Однако появляется следующая ошибка:

You are using pip version 7.1.0, however version 8.1.2 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.
Collecting scipy
Using cached scipy-0.18.0.tar.gz
Installing collected packages: scipy
Running setup.py install for scipy
Complete output from command /usr/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-i0GYOd/scipy/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-aq6BzP-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --user --prefix=:

Note: if you need reliable uninstall behavior, then install
with pip instead of using `setup.py install`:

- `pip install .`       (from a git repo or downloaded source
                        release)
- `pip install scipy`   (last SciPy release on PyPI)


lapack_opt_info:
lapack_mkl_info:
mkl_info:
libraries mkl,vml,guide not found in /usr/local/lib64
libraries mkl,vml,guide not found in /usr/local/lib
libraries mkl,vml,guide not found in /usr/lib64
libraries mkl,vml,guide not found in /usr/lib
NOT AVAILABLE

NOT AVAILABLE

atlas_threads_info:
Setting PTATLAS=ATLAS
libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/local/lib64
libraries lapack_atlas not found in /usr/local/lib64
libraries ptf77blas,ptcblas,atlas not found in /usr/local/lib
libraries lapack_atlas not found in /usr/local/lib
libraries lapack_atlas not found in /usr/lib64/atlas
numpy.distutils.system_info.atlas_threads_info
Setting PTATLAS=ATLAS
Setting PTATLAS=ATLAS
FOUND:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas']
    language = f77
    include_dirs = ['/usr/include']

/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/command/config.py:394: DeprecationWarning:
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
Usage of get_output is deprecated: please do not
use it anymore, and avoid configuration checks
involving running executable on the target machine.
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

DeprecationWarning)
customize GnuFCompiler
Found executable /usr/bin/g77
gnu: no Fortran 90 compiler found
gnu: no Fortran 90 compiler found
customize GnuFCompiler
gnu: no Fortran 90 compiler found
gnu: no Fortran 90 compiler found
customize GnuFCompiler using config
compiling '_configtest.c':

/* This file is generated from numpy/distutils/system_info.py */
void ATL_buildinfo(void);
int main(void) {
ATL_buildinfo();
return 0;
}
C compiler: gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -DNDEBUG -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -m64 -mtune=generic -D_GNU_SOURCE -fPIC -fwrapv -fPIC

compile options: '-c'
gcc: _configtest.c
gcc -pthread _configtest.o -L/usr/lib64/atlas -llapack -lptf77blas -lptcblas -latlas -o _configtest
ATLAS version 3.8.4 built by mockbuild on Thu Feb  9 08:22:21 EST 2012:
UNAME   : Linux x86-010.build.bos.redhat.com 2.6.18-274.17.1.el5 #1 SMP Wed Jan 4 22:45:44 EST 2012 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
INSTFLG  : -1 0 -a 1
ARCHDEFS : -DATL_OS_Linux -DATL_ARCH_P4E -DATL_CPUMHZ=3600 -DATL_SSE2 -DATL_SSE1 -DATL_USE64BITS -DATL_GAS_x8664
F2CDEFS  : -DAdd_ -DF77_INTEGER=int -DStringSunStyle
CACHEEDGE: 524288
F77     : gfortran, version GNU Fortran (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
F77FLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
SMC     : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
SMCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
SKC     : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
SKCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
success!
removing: _configtest.c _configtest.o _configtest
FOUND:
    libraries = ['lapack', 'ptf77blas', 'ptcblas', 'atlas']
    library_dirs = ['/usr/lib64/atlas']
    language = f77
    define_macros = [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')]
    include_dirs = ['/usr/include']

Traceback (most recent call last):
File "<string>", line 1, in <module>
File "/tmp/pip-build-i0GYOd/scipy/setup.py", line 415, in <module>
    setup_package()
File "/tmp/pip-build-i0GYOd/scipy/setup.py", line 411, in setup_package
    setup(**metadata)
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/core.py", line 152, in setup
    config = configuration()
File "/tmp/pip-build-i0GYOd/scipy/setup.py", line 335, in configuration
    config.add_subpackage('scipy')
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 957, in add_subpackage
    caller_level = 2)
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 926, in get_subpackage
    caller_level = caller_level + 1)
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 863, in _get_configuration_from_setup_py
    config = setup_module.configuration(*args)
File "scipy/setup.py", line 9, in configuration
    config.add_subpackage('cluster')
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 957, in add_subpackage
    caller_level = 2)
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 926, in get_subpackage
    caller_level = caller_level + 1)
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 863, in _get_configuration_from_setup_py
    config = setup_module.configuration(*args)
File "scipy/cluster/setup.py", line 24, in configuration
    extra_info=blas_opt)
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/misc_util.py", line 1419, in add_extension
    ext = Extension(**ext_args)
File "/usr/lib64/python2.6/site-packages/numpy/distutils/extension.py", line 45, in __init__
    export_symbols)
TypeError: __init__() takes at most 4 arguments (13 given)

----------------------------------------
Command "/usr/bin/python -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-i0GYOd/scipy/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-aq6BzP-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile --user --prefix=" failed with error code 1 in /tmp/pip-build-i0GYOd/scipy

Кажется, numpy устарел, когда я пытался обновить numpy, появляется похожее сообщение об ошибке. Как мне установить numpy и scipy в локальную папку?

Автор: Zhuanghua Liu Источник Размещён: 08.11.2019 11:03

Ответы (1)


0 плюса

Решение

RedHat 6.7 поставляется с Python 2.6 и больше не поддерживается последней версией numpy / scipy. Кроме того, на Linux, вы не должны смешивать пакеты , установленные с помощью менеджера пакетов (используя yum, dnf, apt-getи т.д.) с установленными пакетами с PyPI использованием pip. Поскольку большинство дистрибутивов Linux полагаются на работающий Python для установки всех видов программ, pipустановка может легко сломать вещи, даже если это делается в неглобальном каталоге.

Вместо этого всегда используйте virtualenvи установите пакет, который вам нужен. Вы можете установить virtualenvс помощью менеджера пакетов, и если вы хотите , вы можете создать virtualenv для virtualenvи обновления pipи virtualenvтам , чтобы избавиться от сообщения , что пип является устаревшим и получить последнюю virtualenv.

Это может показаться излишним, но это стоит того, чтобы ваши утилиты не ломались. Кроме того, работа таким образом облегчает использование более нового python, чем тот, который предоставляется системой. Предполагая, что вы установили последнюю версию из серии 2.7 /opt/python/2.7, просто предоставьте -p /opt/python/2.7/bin/pythonсистеме информацию о том, virtualenvкогда вы создадите свой начальный virtualenv (используя virtualenv из менеджера пакетов).

Автор: Anthon Размещён: 20.08.2016 08:38
Вопросы из категории :
32x32