Построение дендрограммы с использованием Plotly Python

python numpy cluster-analysis plotly dendrogram

1655 просмотра

1 ответ

3 Репутация автора

Я пытаюсь построить дендрограмму, используя Python, предпочтительно используя Plotly. У меня есть набор данных, содержащий кластеризацию различных объектов. Я могу использовать этот набор данных для генерации необходимых данных или, по крайней мере, для экстраполяции. Тем не менее, я не понимаю, что на самом деле является входом для create_dendrogram. Док просто говорит, что это ndarray - Матрица наблюдений как массив массивов. Я знаком с Numpy ndarrays, но мне хотелось бы знать, что должен содержать массив.

Более конкретно, каково значение значения X [i] [j]. Кажется, это просто число между 0 и 1. Я посмотрел документацию Plotly API для Python здесь - https://plot.ly/python/dendrogram/

import plotly.plotly as py
from plotly.tools import FigureFactory as FF

import numpy as np

X = np.random.rand(10, 10)
fig = FF.create_dendrogram(X, orientation='left', labels=names)
py.iplot(fig, filename='dendrogram_with_labels')

Если бы существовал альтернативный и более интуитивно понятный способ получить дендрограмму в Python, я также хотел бы знать это. Я новичок в этом, и любая помощь будет оценена. (Пожалуйста, дайте мне знать, если мне нужно перефразировать вопрос!)

Автор: Achyudh Ram Источник Размещён: 19.07.2016 07:44

Ответы (1)


2 плюса

36 Репутация автора

Решение

Вы можете передать функцию связи в функцию create_dendrogram. Например:

from scipy.cluster.hierarchy import linkage

...

figure = FF.create_dendrogram(
    data_array, orientation='bottom', labels=id_label_list,
    linkagefun=lambda x: linkage(data_array, 'ward', metric='euclidean')
)
Автор: biofunc1234 Размещён: 30.03.2017 09:11
Вопросы из категории :
32x32