Каталог Sed не найден при запуске R с флагом -e

r sed homebrew

1250 просмотра

3 ответа

632 Репутация автора

Когда я пытаюсь запустить следующую команду: R --slave --no-save --no-restore -e "print('foo')"

Я получил: /usr/local/bin/R: line 193: /usr/local/Library/ENV/4.3/sed: No such file or directory ERROR: option '-e' requires a non-empty argument

Видимо brewнедавно переместил ENVпапку на новый путь (см. Здесь ). Я знаю, что могу легко использовать символическую ссылку на новый sed-каталог, чтобы исправить проблему, но я хотел знать, есть ли лучший обходной путь / исправление (и в конечном итоге, будет ли это исправлено в исходном коде R).

Автор: petobens Источник Размещён: 18.07.2016 03:15

Ответы (3)


10 плюса

1391 Репутация автора

Решение

Это происходит потому, brewчто изменил его пути в этом коммите, поэтому, если вы работали brew updateв последние 4 дня, это и стало причиной поломки.

Кредит идет на ослепление за этот ответ , который должен brew reinstall -s r.

Я столкнулся с некоторыми другими проблемами, когда я попробовал это все же. У меня не было установлено X11, и у меня был конфликт с, tcl-tkчто означало, что он вызывал некоторые другие сбои при компиляции так:

  1. Я установил XQuartz с https://www.xquartz.org
  2. Ссылка на него в моей папке homebrew ln -s /opt/X11/include/X11 /usr/local/include/X11(обратите внимание, что ваш каталог homebrew может отличаться)
  3. brew install homebrew/dupes/tcl-tk brew link --overwrite --force tcl-tk; brew unlink tcl-tk
  4. brew reinstall -s r

И тогда это сработало для меня. Я думаю, что после rобновления бутылки эта проблема должна исчезнуть, но на данный момент это то, что я должен был сделать.

Автор: cdaloisio Размещён: 20.07.2016 03:32

1 плюс

75 Репутация автора

Обновленный до Сьерра, попробовал команды выше и также указания здесь: https://github.com/Homebrew/homebrew-science/issues/4338 . После того, как я также переустановил ядро ​​R, следуя инструкциям здесь: https://github.com/IRkernel/IRkernel , все снова заработало. Ой вей.

Чтобы переустановить ядро ​​R, запустите R в терминале и введите следующее:

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()  # to register the kernel in the current R installation
Автор: andrewpederson Размещён: 27.09.2016 06:23

0 плюса

3279 Репутация автора

Вместо того, чтобы sedжестко задавать путь, простой обходной путь - отредактировать скрипт R и изменить строку 193 с помощью

SED=$(which sed)
Автор: Skippy le Grand Gourou Размещён: 06.02.2019 10:44
Вопросы из категории :
32x32